(1225 -1274) Aquino'lu Thomas 'da tümü ile farklı bir felsefe ile karşılaşırız. Thomas düşüncelerini iki büyük eserinde toplamıştır: "Summa Philosophica" da denilen birinci yapıt "Allah'tan Başkasına Tapanlara Karsı" (müşriklere karşı) ismini taşır. Burada "Allah'tan Başkasına Tapanlar" deyimi ile Hıristiyan olmayanlar değil de, Brabant'lı Siger ve yandaşları, yani Lâtin İbni Rüşdçüler kastedilmiştir. İkinci eserin ismi "Summa Theologica"dır. İlahiyata ait olan tüm bilgiler bu eserin konusunu oluşturur.

Skolastiğin ilk döneminde felsefe, aslında rasyonalist bir ilahiyattır. Bu felsefe, insanın Allah ile ilişkilerini bilmek ister, bunun dışındaki konularla ilgilenmez. Üzerinde özellikle durulan sorunun yanıtı, zaten dini dogmalarca verilmiş bulunuyor.

Bu nedenle, önce dogmalara bağlı olarak inanmak, sonra da bunları akıl ile temellendirmeye çalışmaktan başka yapacak bir şey kalmıyor. Oysa Skolastiğin ikinci dönemine, yani çökme dönemine geçince, bu durumun köklü biçimde değiştiğini görürüz. Bu dönem klasik şeklini Aquino'lu Thomas'ın felsefesinde bulur.

Aslen İtalyan olan Thomas'ın Papalık ile yakın ilişkileri vardı. Skolastiğin ilk dönemi, daha çok Yeni Eflâtuncu idi; ikinci dönemi ise Aristocudur. Nitekim Thomas da Aristo'dan devinim eder.

Ona göre Kilisenin kuralları ile Aristo'nun düşünceleri temelde ve içerik yönünden, birbirine uygundur. Ama buna rağmen iman ile ilim ve felsefe bilgileri arasında bir ayrım vardır. Çünkü dinde, ancak iman ile kavranabilen, akılla aydınlatılmalarına imkan bulunmayan, birtakım "sırlar" bulunur. Ya da Thomas'ın kendi benzetmesi ile söylersek: İmanı bir tapınak olarak düşünürsek, ilim ve felsefe bilgileri bu tapınağın asıl içini değil, ancak girişini aydınlatabilir.

Söz gelişi Allah'ın varlığının ve bir "mutlak" ruh olduğunun felsefe ile kanıtlanması mümkündür. Ama Allah'ın evreni belli bir zamanda (yedi günde) yaratmış olduğu, akılla değil de yalnız imanla kabul edilebilir. Günah ve sevapların hesabının görüleceği bir kıyamet gününün olacağı akıl ile aydınlatılamaz, buna yalnızca inanılır.

Aristo ile beraber Thomas da her tür bilginin "deney "den kaynaklandığını kabul eder. Oysa ilk Skolastiğin tipik temsilcisi olan Augustinus'un görüşüne göre deneyin bilgi yönünden hiç önemi yoktur. Thomas'a göre bilgimizin devinim noktasını oluşturan "algı", eşyadan birtakım hayallerin gelip ruhumuza girmesi sonunda oluşur. Bundan sonra "düşünmenin" aktivitesi başlar. Eşyadan gelen algı hayalleri akıl tarafından "kavram"lar haline getirilir ve bu kavramlar bize eşyanın yapısını tanıtır.

Her türlü bilgi, gerek algı ve gerekse düşünme anlamındaki bilgi, kesinkes "reel" olan bir şeye art döner. Bilgimizin, dışımızdaki reel dış dünyaya müsait olduğu, mana ve vakit bakımından doğrudur. Dış dünyanın varlığından kuşkulanmanın hiç anlamı yoktur.

Thomas da, Aristo'nun yaptığı gibi, dış dünyadaki objelerde iki yan olduğunu savunur: Madde ve Şifim. Her objede, bu maddeye biçim veren bir güç, bir de biçim bulunur. Bunu, en açık şekliyle, bitkilerde ve hayvanlarda görürüz. Canlıda, bitkide ve hayvanda; alınan gıdalara organizmayı oluşturacak biçim verici bir güç gizlidir.

Her objenin "nitelik" ve "varlık" taraflarını birbirinden ayırmak gerekir. Ya da her obje için şu iki soru sorulabilir: Bu nasıl bir objedir? Bu obje niçin vardır? Ama her objedeki kalite ve varlık birbiriyle ahenk içinde birarada bulunur: Bu obje "Allah"tır.

O halde Allah, sebebi dışarıda değil de kendinde bulunan, dolayısıyla niteliği ve varlığı birbirinden ayrı olmayan varlıktır. Oysa öteki bütün objeler bir sebep sonucunda biçim kazanır ve bir varlığa sahip olur. Allah'ın ise bir sebebe gereksinimi yoktur. Onun biçimi tekrar kendisidir. Bu açıklama şekli, dikkat edilirse, ontolojik kanıtı kullanmaz, Allah'ın varlığını başka kanıtlardan çıkarır.

Önce bu evrende "son ve en yüksek bir sebebin", yani evreni ilk kez harekete geçirmiş olan bir sebebin var olması gerekir. Çünkü sebepler dizisi sonsuza kadar uzamaz, bu dizinin bir yerde sona ermesi gerekir. Allah'ın evreninin en yüksek nedeni ve ilk devinim ettiricisi olduğu görüşünü, Thomas Aristo'dan aynen almıştır. Ama Thomas, Allah'ın varlığını kanıtlamak için, öteki bir kanıt daha gösterir: Her var olanın bir "amacı" vardır.

Ayrıca bir de tüm evren için son ve en yüksek bir amaç bulunacaktır. Tüm varlıklar ancak göreli olarak iyidir. Ama bunun yanında bir de mutlak şekilde iyi olanın varolması gerekir. Evrenin son ve en yüksek amacı: "Mutlak olarak iyi olan" Allah'tır. O halde Allah, en yüksek sebep ve en son amaçtır.

Thomas'a göre en yüksek sebep ve en son amaç olan bir varlığın var olması gerektiğini de bize aklımız öğretir. Sonra Allah'ın maddi bir varlık olmayıp yalnızca bir ruh olduğunu da tekrar akıldan çıkarırız. İşte Allah'ın varlığı ve nitelikleri konusunda felsefe bizi buraya kadar getirebilir.

Thomas'a göre felsefe bir varlık bilimi, yani bir "ontoloji" de olabilir. Ontolojide tecrübe ile mutlak düşünce birbirine uygundur. Söz gelişi mutlak düşünce bize var olanların çelişkisiz olmaları gerektiğini söyler ve bir şeyin hem var hem de yok olmasının olanaksızlığını gösterir. Biz buna çelişki ilkesi deriz. Bu bir mantık ilkesidir, ama aynı zamanda varlıklara da uygulanan bir ontoloji ilkesidir. Bu nedenle mantık bize varlığın yapısını ve tümel yasalarını öğretir.

Aristo gibi Thomas da varlık evrenini birbiri üzerine düzenlenmiş olan çeşitli "alanlara" ayırır. Önce elemanlar evreni, bunun üstünde de bitkilerin, hayvanların ve insanların evreni vardır. Bu sonuncu varlık alanı, aynı zamanda "ruh"u da kapsar. Ama yalnız insan "kendini bilmek" olanağına sahiptir. Yalnız insan kendisi ve evrendeki yeri konusunda derin düşünebilir.

İşte bu kabiliyet insana, aynı zamanda kendisinin üstünde ne bulunduğunu düşünebilme, Allah'ı düşünebilme olanağını kazandırır. Zaten insanın bu evrendeki varlığının hikmeti, kendisini ve Allah'ı bilmesidir. O halde Thomas için gözlem hayatı pratik hayattan üstündür. Thomas kendisi bir keşiştir ve bu nedenle teorik yaşamı tercih etmesi doğaldır.

Thomas'ın "devlet felsefesi", Aristo'nun ve Augustinus'un düşüncelerinden oluşan bir karmadır. Thomas'da insanın sosyal bir yaratık olduğu, yapısı gereği kendi cinsleri ile beraber yaşamak zorunluluğunda olduğu düşüncesi, Aristo'nundur. Aynı şekilde devletin bir "hayır" kurumu olduğu görüşü de Aristo'dan gelir.

Oysa Augustinus'un devleti, "zorunlu bir kötülük" olarak anladığını biliyoruz. Ama devletin, "bir dünya devleti olması gerektiği" düşüncesinde Thomas, Augustinus ile aynı görüşü paylaşır. Dünya devleti Mübarek devletin bir kopyası olmalı, yeryüzünde onun düzeni gerçekleştirilmeye çalışılmalıdır. Sonuç olarak Thomas da, Augustinus gibi, Kiliseyi devletten üstün tutar. Çünkü Kilise kutsal, devlet ise sosyal bir kuruluştur. Bütün bu düşünceleri ile Thomas, klasik Ortaçağ için karakteristik olan görüşleri de sergilemiş oluyor.

Thomas'ın ölümünü izleyen yüzyıl içinde artık skolastik sistemin dağılmaya, çökmeye başladığını görüyoruz. Böylece skolastiğin son dönemi başlamış oluyor. İlk dönemde Skolastik, dinin temellerinin akıl ile açıklanabileceğini sanıyor ve bunu benimsiyordu. İkinci dönem ilahiyat ve felsefeyi kısmen birbirinden ayırmıştır. Dine, felsefe tarafından kavranmasına imkan bulunmayan, esrarlı yanlar bırakılmıştır.

Sonuç olarak Skolastiğin son dönemde iman ile ilim arasındaki karşıtlık büsbütün "fazlalaşmış", bilimin payı sınırlandırılmış ve imana daha geniş bir saha ayrılmıştır. Bu son dönem, dogmaların akıl ile kanıtı mümkün olduğu görüşünü tümüyle reddeder. Bilginin konusu ancak "doğa"dır. Bu nedenle bilgide Allah konusunun ele alınmaması gerekir.